Viral 1 / Les apprentis sorciers de Wuhan et le séquençage découvert par les Hongrois

L’actualité scientifique renforce l'hypothèse d'un accident de laboratoire qui aurait provoqué la pandémie. Une étude hongroise pourrait en effet révéler la présence d’un SARS-CoV-2 ancestral dans un appareil de séquençage chinois et témoigner de manipulations du virus par des chercheurs… Explications…


Comment débuter cette chronique par temps de Covid ? Les sujets ne manquent pas dans l'actualité d'une pandémie qui s'éternise, mais s'impose à moi la question de son origine, toujours inconnue. D'où vient le mal, ce coronavirus dénommé SARS-CoV-2 repéré à la fin de l'année 2019 dans la ville de Wuhan ? J'y ai consacré un livre, une enquête qui n'apporte pas la réponse, mais montre comment l'on a discrédité une piste de recherche pourtant évidente, en la qualifiant de complotiste. Il s'agit bien sûr de l'hypothèse d'un accident de laboratoire qui serait survenu dans cette métropole chinoise positionnée à la pointe de la recherche mondiale sur les coronavirus. Pendant plus d'une année, les grandes revues scientifiques ont systématiquement refusé tous les articles qui soulevaient cette possibilité afin de rendre indiscutable la thèse d'une origine animale naturelle, tandis que la plupart des médias avalisaient cette ligne éditoriale.

Mon livre témoigne toutefois d'un vent qui tourne, surtout grâce à la publication en mars 2021 d'une lettre ouverte signée par une vingtaine de chercheurs du monde entier, vite présentée outre Atlantique comme le groupe de Paris, car constitué autour de scientifiques français désireux de redonner sa juste place à la science. Leur tribune a eu un impact considérable, à l'OMS comme dans le cabinet de Joe Biden, et à la revue Science comme dans les grands médias français où l'on a alors reconsidéré l'accident de laboratoire, devenu envisageable. L'enquête internationale préconisée par le groupe de Paris n'a pas pour autant avancé, et il vient donc de publier dans Le Figaro une nouvelle lettre ouverte. A l'occasion des JO de Pékin, elle appelle le régime chinois à accepter enfin cette enquête sur les origines du Covid en donnant accès à toutes les données nécessaires à la découverte du progéniteur de SARS-CoV-2, aussi bien dans les hôpitaux que dans les élevages d'animaux et les cahiers de laboratoire.

Une exigence de transparence

Le but est de trouver des virus ancestraux afin de comprendre quelles mutations ont permis l'apparition du Covid. En découvrant leur provenance, on pourrait alors s'attacher à éviter qu'un autre virus ne prenne le même chemin. Trouver l'origine de SARS-CoV-2 s'avère donc essentiel. Reste que bien peu est effectué, d'où l'appel du groupe de Paris à tous les organismes nationaux et internationaux de « mettre en place des commissions Covid-19 (...) pour qu’une telle pandémie ne se reproduise pas ». Ce qui devrait déjà imposer une transparence totale, ne se limitant pas à la Chine. « On pourrait faire la même lettre en se focalisant sur les Etats-Unis où quantité de données et d'informations n'ont pas été partagées », fait d'ailleurs remarquer la généticienne Virginie Courtier.

Obtenus grâce au droit américain à l'accès aux données, des e-mails échangés entre deux directeurs d'instituts fédéraux de recherche publique et des sommités mondiales de la virologie montrent déjà clairement que ces gens ont choisi au début du mois de février 2020 d'écarter l'hypothèse d'un virus travaillé en laboratoire, alors qu'ils savaient que SARS-CoV-2 était suspect, notamment pour la principale particularité de son génome qui constitue son atout infectieux maître, un site de clivage à la furine (1) qui facilite la fusion du virus avec nos cellules, présent chez aucun autre coronavirus de type SARS. Or bien qu'une origine naturelle apparaissait ainsi douteuse, cet establishment de la recherche a choisi de ne pas le dire publiquement, et même d'affirmer le contraire dans deux articles qui feront office de références : l'un dans Nature Medicine affirmant que « le SRAS-CoV-2 n'est pas une construction de laboratoire ou un virus délibérément manipulé », l'autre dans le Lancet proclamant qu'envisager cette possibilité serait une théorie du complot.

Conflits d'intérêt et considérations politiques

Précisons que plusieurs des auteurs de ces articles collaboraient avec des centres de recherche chinois, notamment l'Institut de virologie de Wuhan dont les travaux sur les coronavirus ont bénéficié de financements publics américains. Bref, des conflits d'intérêt et des considérations politiques ont conduit à fausser voire à interdire le débat scientifique, et si la divulgation de ces emails s'avère instructive, « il y a encore beaucoup de passages caviardés dont on voudrait bien connaître le contenu », comme le déplore Virginie Courtier et le montre la dernière livraison de ces échanges diffusée par le Parti Républicain, peu prise en compte dans la presse française mais analysée à sa juste mesure par des journalistes anglo-saxons ici ou . En France, on n'avait également guère relayé l'information sortie en septembre dernier par le collectif DRASTIC qui révélait que Peter Daszak, auteur de l'article du Lancet et expert de l'OMS, projetait en 2018, avec le biologiste américain Ralph Baric et l'Institut de virologie de Wuhan, d'insérer des sites de clivage à la furine dans des coronavirus. C'est à dire de créer un virus similaire à SARS-CoV-2 par des manipulations dites de gain de fonction, qui visent à anticiper des mutations en rendant dangereux pour l'homme des virus animaux afin d'élaborer des parades telles que des vaccins ou des traitement au cas où certains franchiraient naturellement la barrière d'espèce. Avec le risque d'un accident, et d'un échappement de laboratoire.

Laisser les apprentis sorciers tranquilles ?

La possibilité que SARS-CoV-2 puisse résulter de telles expériences devrait susciter un débat mondial sur leur légitimité et leur contrôle. Il n'en est rien, et dans l'univers de la virologie cela relève plutôt du tabou, brisé ce mois-ci dans Le Monde diplomatique par les virologues Etienne Decroly et Bruno Canard accompagné du bio-informaticien Jacques Van Helden, signataires d'un article intitulé : « Les apprentis sorciers du génome ». « Les gains de fonction posent une vraie question, et nous pensons qu'il ne faut pas faire d'expérience susceptible de rendre pandémique un virus jusqu'alors inoffensif », résume Etienne Decroly. Un point de vue différent de celui de ces grands virologues qui échangeaient autour de l'origine de SARS-CoV-2 avec les responsables des autorités sanitaires américaines, symbolisé par l'intervention du néerlandais Ron Fouchier, créateur au début des années 2010 d'un virus de grippe aviaire rendu artificiellement ultra mortel pour l'homme, selon qui un débat sur la possibilité que SARS-CoV-2 provienne de ce type d'expérience aurait « distrait inutilement les meilleurs chercheurs (…) et nuirait à la science ». En somme, laissons les apprentis sorciers tranquilles en ne cherchant pas à savoir si SARS-CoV-2 pourrait être une de leurs créations...

Mais que savons-nous en fait aujourd'hui ? Un article de synthèse de Yuri Deigin, l'un des membres principaux de ce collectif DRASTIC qui a beaucoup apporté à la recherche sur l'hypothèse du laboratoire, vient d'en livrer un récapitulatif précieux. Il y rappelle, entre autres, qu'après l'analyse de 82000 échantillons provenant d'animaux, aucun n'a permis de découvrir un progéniteur naturel de SARS-CoV-2. Un virus que la phylogénétique, étude de la généalogie des génomes, « ancre solidement à Wuhan ». Et après avoir indiqué que les travaux sur les coronavirus se réalisaient à Wuhan dans des laboratoires de niveau de sécurité 3 ou 2, donc avec un risque de fuite plus élevé que dans le P4 construit avec l'aide de la France, Deigin conclut que vu les recherches menées là-bas par l'Institut de virologie, l'accident de laboratoire apparaît comme la « meilleure explication » de l'origine de SARS-CoV-2.

Un progéniteur identifié ?

Une nouvelle étude renforce cette hypothèse, de façon assez étonnante car elle fait suite à une analyse métagénomique (étude du contenu génétique d'échantillons issus d'environnements complexes) du sol d'une île de l'Antarctique. Des prélèvements y ont été réalisés à la fin 2018 par des scientifiques de l'Universités des sciences et technologies de Chine, puis envoyés pour séquençage dans un laboratoire de Shanghai en décembre 2019, les résultats étant ensuite enregistrés à l'European Nucleotide Archive, une base de données publique. Des chercheurs hongrois l'ont consulté en espérant y trouver des fragments de génomes précoces de SARS-CoV-2. Avec succès, puisqu'ils ont effectivement déniché des morceaux de virus du Covid provenant d'humain, de singe vert et de hamster chinois. Des séquences où figuraient trois mutations particulièrement intéressantes. Elles « sont intrigantes car ce sont toutes des mutations "ancestrales" qui rapprochent la séquence des coronavirus de chauve-souris RaTG13 et BANAL-20-52 par rapport à la première séquence Wuhan-Hu-1 signalée sur le marché des fruits de mer de Huanan », note sur Twitter le virologue Jesse Bloom. RaTG13 et BANAL-20-52 sont les virus connus les plus proches de SARS-CoV-2, et le fait que cette nouvelle séquence du virus détectée par les Hongrois s'en rapproche pourrait donc signifier qu'il s'agit d'un progéniteur du premier SARS-CoV-2 identifié sur ce marché de Wuhan.

Évidemment, cela ne signifie pas que SARS-CoV-2 vient d'Antarctique où l'on ne trouve ni homme, ni singe vert, ni hamster chinois. Ces fragments de virus proviennent probablement d'une contamination au laboratoire de Shanghai, peut-être d'un appareil de séquençage mal nettoyé qui aurait ainsi recueilli du virus de la Covid avant de procéder à l'analyse des prélèvements de l'Antarctique ayant eu lieu entre décembre 2019 et début 2020. Rappelons maintenant que la Chine a annoncé que SARS-CoV-2 avait été identifié pour la première fois le 27 décembre 2019. Ajoutons que les hamsters sont des animaux utilisés en laboratoire pour étudier des coronavirus, de même que les cellules dite Vero de singe vert. Cela laisse penser que du SARS-CoV-2 provenant d'expérience de laboratoire a été analysé à Shanghai, éventuellement avant le 27 décembre. Une donnée qui serait cruciale. L'étude hongroise vient seulement d'être pré-publiée, et elle mérite donc encore confirmation. Mais avec la caution que lui apporte un virologue du niveau de Jesse Bloom, elle s'imposait là encore pour clôturer cette première chronique. La semaine prochaine, je vous donnerai d’autres nouvelles de la planète Covid. Avec l'entrée en vigueur des nouvelles mesures d'application du pass vaccinal raccourcissant les délais entre les injections, il serait peut-être judicieux de se pencher sur le problème de l'immunité. Comme chaque semaine, ce sera de toute façon l'actu qui commandera.

(1) Pour pénétrer dans les cellules, le virus utilise sa protéine de pointe (ou Spike). Cette pénétration cellulaire est grandement favorisée par le clivage des deux sous-unités de la protéine que permet un site de clivage à la furine, alignement particulier d'acides aminés réagissant à une enzyme, la dite furine présente à la surface des cellules humaines. 

Poursuivre :

Enquête aux source de la pandémie. Entretien de Brice Perrier avec Denis Robert.

Crédits photo/illustration en haut de page :
(c) Adrien Colrat / Blast

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