Viral 11 / Un tueur d'origine toujours inconnue

L'OMS estime à environ 15 millions les morts dues au covid. Un nouveau décompte qui n'intègre pas l'année 2022 marquée par omicron dont on dit maintenant qu'il serait aussi mortel que les autres variants. Toujours sans connaître l'origine de ce SARS-CoV-2 qui incite toutefois à remettre en cause l'utilité de certains travaux de laboratoire à risque pandémique.

Le compteur mondial des morts est à la hausse, rétrospectivement. Selon la nouvelle estimation de l'OMS, le covid aurait tué entre 13,3 et 16,6 millions d'individus pendant les années 2020 et 2021. Des chiffres largement supérieurs aux 5,4 millions déclarés par les États, et qui incluent les décès causés directement ou indirectement par la pandémie. Ils résultent d'une surmortalité constatée sur cette période. « L'OMS s'affranchit ainsi de la question de la cause du décès qui est toujours contestable, note l'épidémiologiste Antoine Flahault. On se contente de retenir l'excès de mortalité dans les différents pays par rapport à celle attendue sans la pandémie, en fonction des années précédentes. Le résultat obtenu n'est pas surprenant. Il concorde avec une estimation tenue par The Economist et une grosse étude publiée dans le Lancet qui arrivait à environ 18 millions de morts. »

Selon l'OMS, dix pays concentrent 68 % de cette surmortalité, notamment le Brésil, l’Égypte, l'Indonésie, la Russie et surtout l'Inde qui compterait à elle seule 4,7 millions de morts, ce que les autorités indiennes contestent. « Mais les pays rapportent ce qu'ils veulent et certains ont sans doute limité leurs déclarations, relève Antoine Flahault. On l'a constaté en Russie grâce à des sources officielles non concordantes, ainsi qu'en Inde dont certains des États livraient des chiffres très supérieurs à ceux présentés au niveau national. » Les estimations ont été plus difficiles à mener dans les pays ne tenant pas de registres des décès, et demeurent donc forcément des imprécisions dans ces chiffres qui proviennent finalement « à la fois de données et d'extrapolations, indique l'épidémiologiste. En France, la surmortalité s'avère toutefois assez voisine du nombre de morts enregistrées covid, 65 000 en 2020 et 60 000 l'année suivante. Elle découle néanmoins comme partout de l'ensemble des conséquences de la pandémie, incluant donc aussi bien les accidents de voiture en moins que les suicides ou les pathologies diverses non traitées ou négligées ». Bref, on a mesuré un impact global sans entrer dans son détail, ce qui reste à faire.

Omicron aussi mortel que les autres

Dans ce tableau mortifère, comment s'inscrit le variant omicron ? Beaucoup plus contagieux que ses prédécesseurs, il semblait en revanche nettement moins virulent, souvent assimilé à un simple rhume. Un point de vue réfuté par une pré-publication qui le présente comme « aussi mortel » que les autres versions de SARS-CoV-2 si l'on tient compte de la vaccination, des différences démographiques et des comorbidités. Très commentée, l'étude s'avère également critiquée pour des raisons méthodologiques comme le fait que le nombre de personnes infectées n'aurait pas été pris en compte faute de tests PCR positifs. Ses conclusions contredisent aussi d'autres études, telle celle qui constatait des risques d'hospitalisation et de décès réduits de 70 et 80 % par rapport au variant delta. Bien qu'ayant explosé tous les compteurs de contaminations avec des dizaines de millions de personnes infectées en France, omicron n'avait d'ailleurs pas saturé les services de ré-animation avec à son pic un nombre d'hospitalisation similaire aux vagues précédentes, mais beaucoup moins de morts.

Antoine Flahault ne s'étonne pourtant pas de cette nouvelle étude sur la dangerosité d'omicron qu'il juge compatible avec différentes données recueillies à travers le monde : « Dans des pays comme l'Australie et la Nouvelle-Zélande, plutôt protégés des premières vagues par des politiques zéro covid, on observe comme chez nous une mortalité très réduite avec omicron, mais à Hong-Kong elle a été effroyable. On peut l'expliquer par la vaccination dont le taux était certes de 80 %, mais seulement de 60 % pour les personnes âgées, et avec principalement le vaccin chinois Sinovac. Avec deux de ses doses, la mortalité est huit fois supérieure à celle obtenue avec deux doses de vaccins à ARNm. Une troisième dose du vaccin chinois permet d'arriver à un taux équivalent, mais seuls 10 % des Hong-Kongais l'avaient reçue. Cela montre qu'omicron est tout à fait dangereux, mais que le vaccin protège des formes graves. » Sauf que ce variant provient d'Afrique du Sud où seul un quart de la population était vaccinée lors de son émergence qui suggéra immédiatement une moindre virulence. « Mais là-bas ce sont les personnes âgées qui étaient vaccinées à plus de 70 %, souligne Antoine Flahault. Cette stratégie réservant les vaccins aux anciens a été très payante, au contraire de celles des Chinois. » Tout ceci ne clôturera certainement pas le débat sur la dangerosité d'omicron, mais montre la pertinence d'une vaccination bien ciblée.

Des symptômes légers pour Bill Gates

Omicron conserve par ailleurs une origine mystérieuse, semblant avoir fait comme un grand saut dans son évolution sans être passé par les mutations observées dans les variants alpha ou delta, ce qui a conduit à penser qu'il avait évolué pendant plus d'un an chez une souris en raison d'une apparente affinité de sa protéine spike aux récepteurs cellulaires de ce rongeur. Mais l'on a aussi envisagé un long séjour chez un hôte humain immunodéprimé dans cette Afrique du Sud où nombre d'habitants sont malades du sida. Une étude britannique effectuée sur des patients immunodéprimées vient d'ailleurs de constater chez l'un d'entre eux une infection au SARS-CoV-2 de 505 jours. Un record du monde assorti de plusieurs mutations du virus, confirmant ainsi que les immunodéprimés sont de bons candidats à la production de variants, même si l'on n'a pas découvert un saut évolutif aussi spectaculaire que celui présumé pour cet omicron qui a largement infecté toute la planète. Bill Gates avait même presque salué en février dernier sa capacité à immuniser la population mondiale mieux « que l'on a pu le faire avec les vaccins », lui qui vient d'attraper le covid après avoir évoqué la possibilité qu'émerge prochainement un variant plus mortel que tout ce que l'on a vu jusqu'ici. Mais pour l'heure, il a confié n'avoir que des « symptômes légers ».

Le milliardaire et grand apôtre de la vaccination s'était prononcé la semaine précédente sur l'origine de ce SARS-CoV-2 qui nous a tant empoisonné la vie. Lors d'une émission de TV américaine où il venait présenter son livre Comment éviter la prochaine pandémie, l'animateur l'avait interrogé sur la possibilité d'une fuite de laboratoire. « Il est assez clair que ce virus est passé par les animaux », répondit le fondateur de Microsoft, précisant que le coronavirus venait des chauves souris, « avec une étape » entre ces dernières et notre espèce, le fameux hôte intermédiaire. Cette thèse serait presque redevenue officielle depuis la pré-publication en février dernier de deux études prétendant démontrer que la pandémie a émergé fin novembre ou début décembre 2019 au marché de Wuhan, en pointant ses stands proposant des animaux vivants. De quoi mettre de simples pre-prints à la une du New-York Time, et laisser entendre jusqu'en France que l'affaire serait pliée. Pourtant, aucune trace du virus provenant d'un animal n'a été détecté sur ce marché, tout comme aucun animal susceptible de l'avoir transmis à l'homme n'en a été trouvé porteur. Et si l'hypothèse de l'origine animale demeure évidemment envisageable, le virologue Étienne Decroly rappelle dans Pour la Science que celle de l'accident de laboratoire l'est tout autant, en relevant que « l’identification récente de nouvelles séquences ancestrales de SARS-CoV-2 » par le virologue américain Jesse Bloom vient étayer la possibilité d'une émergence « plus précoce qu'on ne l'imaginait ».

Des virus plus dangereux qu'une ogive thermonucléaire

Longtemps écartée et taxée de complotiste, l'hypothèse d'une origine non naturelle de SARS-CoV-2 résultant d'expérience de laboratoire a été reconnue plausible durant l'année 2021. Elle conduit depuis à s'interroger sur l'utilité de travaux dits de gains de fonction réalisés sur des virus dont on s'attache à augmenter la capacité d'infection. Ces pratiques avaient déjà suscité une vive polémique au début des années 2010 après que des virologues aient rendu artificiellement ultra mortels des virus de grippe aviaire. Elle a aboutit en 2014 à un moratoire décrété par les États-Unis sur ce type d'expériences effectuées avec des virus à potentiel pandémique. Il a été levé en 2017, non sans que certains de ces travaux aient été menés entre temps à l'Institut de virologie de Wuhan avec des financements américains provenant du NIH, l'Agence nationale de santé américaine, principal pourvoyeur de fonds de ce genre de recherche. Un travail que certains qualifieront d'apprentis sorciers. C'est que « les virus pandémiques peuvent être plus meurtriers que les armes thermonucléaires », comme l'a déclaré lors d'une journée de discussion consacrée aux risques des gains de fonction le biologiste du MIT Kevin Esvelt, après avoir rappelé que « plus d'Américains sont morts du covid qu'ils n'en périraient si une ogive thermonucléaire russe devait exploser dans le centre de Washington ».

Rendue incontournable par la pandémie et la pression du Parti républicain qui a déposé un projet de loi visant à restreindre la possibilité d'entreprendre des recherches dangereuses en virologie, cette journée d'échange organisée par le NIH le 27 mai a fait l'objet d'un article de Nature, avec pour titre : « Les études risquées sur le "gain de fonction" nécessitent des directives plus strictes, selon des chercheurs américains ». Plusieurs d'entre eux considèrent en effet que face à ce risque qui n'est « plus abstrait », une meilleure surveillance que celle en vigueur depuis 2017 serait nécessaire, ainsi qu'une plus grande transparence. Mais Felicia Goodrum, présidente de l'American Society for Virology, revendique quant à elle l'intérêt d'expériences qui auraient permis des « progrès rapides des thérapies et des vaccins covid rendus possibles, en partie, par la manipulation de virus », évoquant la création des vaccins Astra Zeneca et Janssen avec des adénovirus auxquels on a ajouté la protéine spike de SARS-CoV-2. « Du pur bullshit !, m'assure le virologue Simon Wain-Obson. Ce n'est pas ça le gain de fonction problématique. Pour ces vaccins, on a utilisé un adénovirus non pathogène recombiné avec la spike, ne créant aucun risque pandémique. Elle est complètement hors sujet, mais cherche à noyer le débat pour que continuent ces travaux promus par le NIH ».


L'illusion de prédire l'avenir

En titrant son compte rendu de cette journée « Les virologues repoussent une plus grande réglementation des virus rendus plus mortels en laboratoire », le site USRTK reflète sans doute plus justement la situation, notamment du côté des autorités. Avec une Felicia Goodrum qui déclare aussi qu'une réglementation plus stricte risquerait de « nous lier les mains derrière le dos » lorsqu'il s'agit de modéliser les risques de pandémie. Et un Stefano Bertuzzi, président de l'American Society for Microbiology, qui estime le cadre actuel suffisant, invitant seulement les laboratoires à faire davantage de rapports au Congrès et les scientifiques à rassurer la population. Sans préciser qu'il s'agirait donc de justifier la création de virus pandémiques, typiquement en partant d'un pathogène animal non transmissible à l'homme pour le modifier en lui apportant la capacité de nous contaminer, et ce dans le but de prédire l'avenir et de se prémunir face à la venue naturelle d'un virus identique à celui que l'on aurait créé.

« Ce genre de recherche est stupide, car on ne peut pas prédire ce que sera un virus encore inconnu, objecte Simon Wain-Obson. On peut en créer, modéliser leurs effets éventuels, mais il est aujourd'hui impossible d'anticiper l'impact de celui qui va véritablement arriver. Tom Inglesby, le conseiller covid du département américain de la Santé, parle de travaux à ne réaliser qu'en cas de justification publique extraordinaire. Pourquoi pas, mais il faudrait déjà la donner, et dans l'état actuel de la science et de nos possibilités, je n'en vois aucune. Il n'y a pas le moindre intérêt à créer en laboratoire, où un accident est toujours possible, des virus risquant de provoquer une pandémie. Il y en a bien assez d'existants à aller chercher dans la nature pour les étudier. » Une recherche pas non plus sans risque, Antoine Flahault m'ayant à ce sujet rappelé qu'entre la zoonose provoquée par des animaux vendus au marché de Wuhan et l'accident de laboratoire avec un SARS-CoV-2 boosté par gains de fonction, reste aussi l'option moins discutée du chercheur contaminé lors d'une collecte de virus par une chauve-souris qui aurait par exemple pu le mordre. De retour à Wuhan, le malheureux aurait alors été le patient zéro de la pandémie, éventuellement asymptomatique et propagateur sans s'en rendre compte de ce tueur à l'origine toujours inconnue. Une piste qui demeure à investiguer sérieusement, comme les deux autres. Ah, il y a encore tant à découvrir et à comprendre avec ce covid...

Crédits photo/illustration en haut de page :
(c) Adrien Colrat / Blast

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