Viral 4 / Covid, les premières leçons d'une pandémie

Si la furie du feu soviétique le fait brutalement sortir des radars médiatiques et politiques, le Covid reste un mystère tenace. Nous allons chercher cette semaine à apprendre pourquoi certains en sont morts et à tirer des leçons d'une pandémie dont l'origine demeure sujette à embrouilles.

Avec la guerre en Ukraine, le Covid, victime collatérale de Vladimir Poutine, semble comme porté disparu.Le drame ukrainien vient en relativiser l'intérêt. Et Si la situation n'était pas aussi tragique, j'y verrais un juste retour de balancier, tant la pandémie a accaparé l'attention médiatique dans une espèce de psychose collective.  L'info a tellement tourné en boucle sans nous apprendre grand chose avec des discours contradictoires oscillant entre propagande et défiance. Alors cette semaine, malgré une ambiance anxiogène où la phobie virale se voit supplanter par une angoisse nucléaire, je voudrais être constructif en me penchant sur ce que l'on peut apprendre de la pandémie, comme m'y invite un jeune scientifique français qui vient de recevoir le grand prix de la revue Science pour des découvertes aidant à comprendre un point crucial : pourquoi on meurt du Covid.

Médecin et chercheur en génétique à l'Institut Imagine, Paul Bastard travaillait avant l'arrivée du coronavirus sur des gènes prédisposant à des infections virales sévères touchant plus particulièrement les enfants. Il s'est donc demandé si cela pouvait aussi concerner le Covid. Après avoir comparé génétiquement des patients victimes de formes graves de la maladie à d'autres atteints de formes légères ou asymptomatiques, il a constaté avec son équipe que là aussi certaines mutations bloquaient la production d'interféron de type 1, des protéines engendrées par l'organisme pour constituer une première défense face au virus avant la fabrication des anticorps. « On retrouvait ces mutations chez 1 à 3 % des cas graves, généralement âgés de moins de 60 ans car au delà elles ont probablement tendance à provoquer des morts précoces », explique Paul Bastard. Les porteurs de ces variants génétiques voient ainsi le virus se multiplier très rapidement, faute d'interférons pour le combattre. Repérer ces personnes permettrait ainsi d'anticiper la dégradation de leur état pour l'éviter, soit par la vaccination, soit en traitant sans tarder l'infection à l'aide d'anticorps monoclonaux. 

Gare aux auto-anticorps

Aujourd'hui, un examen génétique peut prendre plusieurs mois et coûterait entre 400 et 800 euros, ce qui rend difficile son utilisation systématique. « Mais on sait que certaines familles ont ce défaut génétique, donc il serait déjà souhaitable d'en tenir compte dans ces cas là pour agir en amont de l'infection », souligne Paul Bastard, qui ne s'est pas arrêté là. Il a en effet trouvé un autre moyen de détecter des patients sans comorbidité apparente néanmoins susceptibles de faire une forme grave, toujours en raison d'un déficit d'interférons. Le problème n'est alors plus génétique mais relève de l'auto-immunité, et il est plus fréquent. « J'ai remarqué que 15 % des malades du Covid en réanimation avaient des auto-anticorps qui bloquaient les interférons, poursuit le chercheur. Ce phénomène augmente avec l'âge mais peut se produire dès l'enfance, expliquant la survenue de cas graves jusqu'ici inexpliqués. » Et cette fois on peut le détecter facilement, par un simple test sérologique permettant de repérer les auto-anticorps. En le réalisant, on identifierait à l'avance des individus risquant de pâtir lourdement d'une infection à SARS-CoV-2, notamment certains enfants atteints d'une maladie rare donnant ces auto-anticorps, dont 80 % de ceux touchés par le Covid se sont retrouvés en réa. 

« Un tel test pourrait être réalisable en quinze minutes, et je rêve qu'il soit disponible pour tout le monde dès lors qu'on détecte une infection, ou même avant », confie Paul Bastard. On aurait ainsi un moyen d'éviter des formes graves pour des populations dont rien ne laissait présumer qu'elles en feraient une, ce qui justifierait une vaccination beaucoup plus ciblée dans des classes d'âge généralement sans risque. On se dirigerait alors vers une médecine plus personnalisée. « En identifiant un défaut immunitaire, on pourrait essayer de s'en prémunir, et cela est susceptible de concerner quantités d'autres maladies virales dont nombre de formes graves sont probablement dues à ces auto-anticorps », estime Paul Bastard, qui continue donc à suivre cette voie de recherche prometteuse.

L'alimentation comme médecine

Si l'on soignerait mieux le Covid grâce à une détection personnalisée, une approche plus complète de la maladie parait également souhaitable en intégrant un paramètre négligé par notre politique sanitaire : l'alimentation. Spécialiste des liens entre l'agriculture, la nutrition et la santé, l'agronome Michel Duru déplore ce manquement dans un article publié sur le site The Conversation. Il y rappelle que des facteurs de risque tels que l'obésité, le diabète ou l'hypertension ont « souvent pour origine un dysbiose intestinale, un déséquilibre dans la biodiversité de notre flore, liée à la "malbouffe" ». Un dérèglement de ce que l'on nomme aussi le microbiote, qui s'est largement accentué ces cinquante dernières années et concernerait près d'un tiers de la population française, en ne se limitant pas aux personnes atteintes de comorbidités connues. Or le microbiote participe à la régulation des récepteurs de nos cellules appelées ACE2 sur lesquelles le virus vient se fixer, et il peut agir sur notre réponse immunitaire, comme le souligne Michel Duru.

L'agronome regrette que malgré de multiples publications démontrant l'importance de l'alimentation pour faire face au Covid, ces connaissances n'aient pas été utilisées alors qu'elles auraient permis de grandement limiter les formes graves. Aussi bien par la prévention que par un traitement précoce utilisant en premier lieu la vitamine D, mais aussi d'autres vitamines ou des oligo-éléments comme le zinc. « Depuis dix ans, la découverte de l'importance du microbiote constitue une révolution scientifique, rappelle Michel Duru. C'est un véritable allié pour notre santé, y compris pour des infections virales, mais son action dépend de ce que l'on mange. Il a besoin de fibres, d'omega 3 et de fruits et légumes, or la grande majorité d'entre nous en sommes déficitaires. De plus nous consommons trop d'aliments ultra-transformés enrichis en sel, en sucre ou en additifs, mauvais pour le microbiote. En négligeant tout cela face au Covid du fait d'une approche techniciste et réductionniste misant quasiment tout sur le vaccin, on a fait une lourde erreur. » Une nouvelle revue de la littérature scientifique  montre en tout cas l'intérêt d'une bonne alimentation à la fois pour la prévention et le traitement du Covid, y compris dans ses formes longues. Et pour Michel Duru, « il est primordial de comprendre l'importance du microbiote car il aide à se prémunir des inflammations qui sont facteurs de risque pour les maladies aussi bien chroniques que virales, surtout à notre époque où l'on annonce une augmentation de la fréquence des zoonoses ».

Retour au marché de Wuhan

Reste toutefois à déterminer si le Covid est une zoonose, maladie transmise de l'animal à l'homme, ce qui nous ramène à la question de l'origine de SARS-CoV-2. Elle est à nouveau dans l'actu avec deux pré-publications qui ont eu droit à la Une du New York Time. Ces études nous renvoient deux ans en arrière avec un zoom sur le marché humide de Wuhan, apparu au début de l'épidémie comme un lieu fréquenté par la majorité des premiers malades identifiés. Une concentration cartographiée par l'un de ces papiers qui constitue pour son auteur principal, le biologiste Michael Worobey, « une image extraordinairement claire » signifiant que le virus a surgit de ce marché fin novembre ou début décembre 2019, plus particulièrement du hall où était vendu des animaux vivants. Là où furent prélevé le plus grand nombre d'échantillons environnementaux de SARS-CoV-2, des traces de virus présentes par exemple sur du mobilier, mais sans qu'aucun animal analysé ne s'en soit révélé porteur.

La seconde étude  tente de démontrer qu'il se serait en fait produit sur ce marché non pas une mais deux zoonoses, avec la transmission par un animal à l'homme des deux premières lignées reconnues de SARS-CoV-2. Distinctes de seulement deux nucléotides, un niveau de mutation qui pourrait survenir en une seule transmission d'homme à homme, elles ne proviendraient très probablement pas l'une de l'autre, ni toute deux d'une lignée antérieure, soutient l'étude à l'aide d'une modélisation. « Elle est très bien faite mais cela reste une modélisation qui dépend beaucoup de l'hypothèse de départ, remarque le spécialiste de l'évolution des génomes Guillaume Achaz. Et si le propos de l'article est d'abord prudent, il passe tout d'un coup à une interprétation radicale qui relève de l'argument d'autorité, car ces deux lignées pourraient très bien s'être succédées et provenir d'un homme, tout comme d'un animal. L'affaire n'est donc pas du tout réglée, même si l'on peut lire dans ces pré-publications qu'il y aurait là des éléments irréfutables. Cela leur donne un ton assez militant. »

Parmi les co-auteurs, on retrouve des scientifiques de renom très impliqués depuis deux ans dans la défense de l'hypothèse zoonotique et le discrédit de celle d'un accident de laboratoire qualifiée de théorie du complot, tel Kristian Andersen qui parle dans Nature de « preuves extrêmement solides ». Ces études n'apportent pourtant pas de preuves concluantes, faute de données suffisantes et surtout d'identification de l'animal qui serait à l'origine de ces zoonoses, bien que soit suspecté le chien viverrin. Il faut bien garder à l'esprit que la Chine n'a pas donné l'accès aux données médicales qui permettraient de repérer une présence du virus avant le mois de décembre, pas plus qu'aux banques de données des laboratoires de Wuhan. Et si ces pré-publications font certes marquer un point notable à l'hypothèse de la zoonose, elles ne nous apprennent pas grand chose de nouveau en pointant ce marché identifié dès le début de l'épidémie en tant que premier gros cluster. Comme l'a dit à Nature le micro-biologiste David Relman, demeure très possible que le virus ait émergé ailleurs et plus tôt sans être identifié, d'un animal comme d'un laboratoire.

Crédits photo/illustration en haut de page :
(c) Adrien Colrat

Soutenez Blast, le souffle de l’info

Likez, partagez, commentez

Vous souhaitez nous alerter sur un sujet ? Vous avez des infos qui vous semblent mériter que la rédaction de Blast les analyse, pour éventuellement enquêter dessus ?
Cette adresse mail vous est ouverte : enquetes.blast@protonmail.com (voir les instructions)